تأسس مركز جامع الشيخ زايد الكبير في العام 2008 بقرار صادر عن سمو الشيخ منصور بن زايد آل نهيان نائب رئيس مجلس الوزراء وزير شؤون الرئاسة رقم 18 لسنة 2008، وتعديله بقرار سمو وزير شؤون الرئاسة رقم 7 لسنة 2012 ، وبموجب هذا القرار يهدف المركز إلى:
1. إبراز مآثر المغفور له الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان، وتعزيز ذكراه وبيان مناقبه وإسهاماته الإنسانية.
2. التعاون مع مراكز البحوث والمجامع والمؤسسات الدينية والتعليمية والثقافية.
3. تعزيز التواصل بين الحضارات والتعريف بالمركز كوجهة سياحية وحضارية.
وذلك من خلال عدة أنشطة تضمنها قرار التأسيس وتشمل:
1. جمع وتوثيق منجزات ومآثر المغفور له الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان، وإنشاء معرض ومكتبة لتلك المنجزات مدعمة بالمصادر والمراجع اللازمة.
2. تنظيم مؤتمرات وندوات، أو المشاركة فيها مع مؤسسات دينية وثقافية، وذلك في مجال تحقيق أهداف المركز، والعمل على التعريف بدور المركز ومقتنياته على المستوى العربي والعالمي، سواء داخل الدولة أو خارجها.
3. العمل على تأسيس معهد لتقديم الدراسات اللازمة في مجال الدعوة والإرشاد وما يتصل بها من علوم شرعية وفقهية، بالتنسيق مع الجامعات والمعاهد المتخصصة.
4. دعم طباعة المصاحف وترجمتها وكذا المؤلفات والكتب والبحوث والمجلات والكتيبات والإصدارات الصوتية والمرئية، واستخدام الوسائل الإعلامية، بما في ذلك المواقع الإلكترونية على الانترنت، في مجال تحقيق الأهداف المحددة للمركز.
5. تفعيل دور المسجد في خدمة المجتمع كمسجد جامع، للمناسبات والاحتفالات الدينية، وتنظيم محاضرات وندوات في المجالات المختلفة، بما فيها الفن المعماري الإسلامي والنحو والخط العربي ومسابقات حفظ القرآن وترتيله ورفع الأذان.
6. التواصل مع المؤسسات والهيئات الحكومية، وغيرها من الجهات الأخرى، لتحقيق أهداف المركز.
7. التعريف بجامع الشيخ زايد الكبير كطراز معماري فريد، وتشجيع تنظيم الزيارات التعليمية والسياحية إلى موقع الجامع من داخل الدولة وخارجها، للتعرف على أروقته ومقتنياته.