تعتبر مكتبة جامع الشيخ زايد الكبير مكتبة فريدة من نوعها حيث أنها أول مكتبة تقع في منارة جامع، بالإضافة إلى أنها تقتني العديد من الكتب والمراجع الفريدة من نوعها والمتخصصة في مجال الحضارة الإسلامية بشكل عام، وبشكل خاص في فنون العمارة الإسلامية، الخطوط العربية والإسلامية، المسكوكات الإسلامية القديمة، السجاد الشرقي.
كما تسعى مكتبة جامع الشيخ زايد الكبير إلى استئناف روح التفاعل مع الآخر والإفادة من المعارف العالميّة وتشجيع البحث العلمي الذي ميّز عصور التقدّم العربيّة الإسلاميّة، عن طريق توفير مصادر استثنائيّة تجعل منها، في غضون السنوات العشر المقبلة، واحدة من المكتبات المميّزة في نوعية مقتنياتها العالمية الخاصّة بموضوع الحضارة الإسلامية كما تتبدّى في مرايا الآخرين، ومركزا علميا مرموقا للحوار والتسامح والتفاعل بين الحضارات.
تضمّ المكتبة مصادر أساسية متخصصّة في العمارة الإسلامية وفنونها وعلومها، تتمحور حول الحضارة الإسلامية كما تتبّدى في تصورات الآخرين، وتحوي المكتبة عدداً من أوعية المعلومات المطبوعة من كتب ودوريات عن الفنون والعمارة الإسلامية وتاريخها مكتوبة في اثنتي عشرة لغة حيّة أو يزيد، كما يتوافر في المكتبة مجموعات من نفائس الكتب النادرة ذات الطبعات الفريدة في قيمتها العلميّة أو التاريخيّة، و الأخرى القديمة والمميزّة في بابها.
تتنامى مقتنيات المكتبة بسرعة قياسيّة وهذه المقتنيات متاحة للباحثين والمهتمّين وأصحاب الاختصاص، ويقع اقتناء هذه المجموعات ضمن أهداف المكتبة واهتمامها بالحفاظ على التراث العالمي المطبوع في شتى المجالات والعلوم والمعرفة، كما تضمّ المكتبة نسخا من المخطوطات العربية النفيسة والكتب النادرة والوثائق وطبعات للقرآن الكريم طبعت في أوروبا خلال المدّة الزمنية الواقعة بين عام (1537م-1857م) وهي تبلغ في مجموعها (50679) ملفوفة مصوّرة من مجموع المخطوطات التي تضمّ طبعات نادرة جدا.
تقع مكتبة جامع الشيخ زايد الكبير في الطابق الثالث بالمنارة الشمالية، وهو ما يحدث للمرة الأولى في تاريخ المساجد، وبذا تجمع المئذنة بين دلالاتها ووظائفها الدينية المعروفة والمعرفة المنفتحة على العالم، الداعية الى التسامح، ومن هنا فان مكتبة جامع الشيخ زايد الكبير تستأنف الدور الحضاري لخزائن الكتب في الإسلام من منظور معاصر يعي الثوابت ويفهم المتغيرات.
ولعل موقع المكتبة الاستثنائي هذا يجعلها مقصداً للباحثين والقراء ونقطة جذب للدارسين من مختلف أرجاء العالم، ويقود بالضرورة إلى أن تؤدي دورها بنجاح، نظراً لسهولة الوصول إليها ووضوح المكان وبروزه فضلا عمّا يتصف به من جماليّات معماريّة، واختيار موقعها هذا له دلالة رمزية، توصل بشكل مجازي إلى مكانة المعرفة والعلم في الإسلام الذي احتفى بالعلماء وأعطى العلم المكانة العليا الرفيعة، لتعود المكتبة منارة ترشد إلى الحق والخير والجمال. وقد حرصت الادارة على أن يتوافر للمكتبة مواقف من الجهات الأربع تتسع لعدد كبير من السيارات، تسهيلا للوصول إليها واختصارا لوقت الراغبين في الاستفادة من مصادرها.