أصدر سمو الشيخ حمدان بن راشد آل مكتوم نائب حاكم دبي وزير المالية والصناعة بدولة الإمارات العربية المتحدة في مارس عام 1998م قرارا بتخصيص جائزة تسمى (جائزة حمدان بن راشد آل مكتوم للأداء التعليمي المتميز) تتولى مهمة الارتقاء بالأداء التعليمي في كافة مراحله وقطاعاته التابعة لإشراف وزارة التربية والتعليم.
اقتصر النطاق الجغرافي للجائزة في سنتها الأولى على إمارة دبي تضمنت تسع فئات هي المدرسة المتميزة والمعلم المتميز والطالب المتميز والأخصائي الاجتماعي المتميز والموجه المتميز وأفضل ابتكار علمي وأفضل مشروع مطبق وولي الأمر المتميز، وكان للنجاح المنقطع النظير الذي حققته الجائزة في أولى دوراتها والاستجابة المجتمعية المتفاعلة دافعا لسمو راعي الجائزة ـ حفظه الله ـ نحو قرار سموه بتعميم الجائزة على مستوى جميع الإمارات ورفع سقف قيمتها وأنصبتها واستحداث فئتين جديدتين هما فئة الإدارة المدرسية المتميزة وفئة المنطقة التعليمية المتميزة، ووصل عدد الجوائز إلى 172 جائزة.
وفي نوفمبر من عام 2000م، صدر المرسوم السامي رقم (25) لسنة 2000م من المغفور له بإذن الله الشيخ مكتوم بن راشد آل مكتوم ـ حاكم دبي آنذاك ـ بإنشاء جائزة حمدان بن راشد آل مكتوم للأداء التعليمي المتميز، تصبح للجائزة شخصيتها المعنوية وتتمتع بالأهلية الكاملة للتصرف وفق أغراضها ونظامها الأساسي.
وفي ختام الدورة الثانية التي كانت في العام نفسه، أصدر سمو راعي الجائزة تعليماته بإضافة فئة جديدة هي المعلم فائق التميز تأكيدا لمكانة المعلم ورسالته ودوره في بناء الأجيال، كما تم تعديل فئة ولي الأمر المتميز لتصبح الأسرة المتميزة ورفع نصابها إلى 5 وقيمة جائزتها أيضا.
في مارس من عام 2001، أصدر سمو راعي الجائزة توجيهاته بإنشاء مركز لرعاية الموهوبين والمتميزين يتبع الجائزة ويكون نواة لاحتضان الموهوبين وتخريج النخب العلمية والفكرية المبدعة.
وفي غضون فترة زمنية قصيرة أصبح المركز عضوا في المجلس العالمي لرعاية الموهوبين بفضل إنجازاته القيمة.